Información del curso

¿Qué vamos aprender?

Queremos comprender las bases de la Genómica, introducirnos en las herramientas biotecnológicas que permiten analizar genomas y predecir funciones de productos génicos. Desarrollaremos capacidades de búsqueda bibliográfica, utilización de información y softwares disponibles en Internet, evaluación crítica de resultados experimentales y auto-aprendizaje.

 

¿De qué se trata?

Secuenciación del ADN. Compilación de genomas.

Análisis de secuencias de ADN y proteínas. Uso de herramientas bioinformáticas.

Análisis comparativo de transcriptomas y proteomas.

 

Temario

UNIDAD 1. Secuenciación del ADN. Fundamentos: estructura de genes y genomas; análisis de la reacción de polimerización del ADN. Método básico: el método de Sanger; diseño de la reacción; lectura de geles de secuenciación. Métodos de nueva generación: pirosecuenciación; PCR de emulsión, Illumina. Ensamblado.

 

UNIDAD 2. Conceptos básicos de relaciones estructura-función. Proteínas: Estructura. El experimento de Anfinsen y la relación termodinámica secuencia-estructura-función. Dominios. Motivos. Unión de ligandos. Sitio activo. Análisis funcional de las proteínas. ARN: Estructura. ARN de interferencia. ARN pequeños. Análisis funcional de los ARN. Riboswitches.

 

UNIDAD 3. Genómica estructural. Análisis de secuencias de ADN y proteínas. Bases de datos: GeneBank; KEGG; Uniprot; EMBNet; PDB; SwissProt. Comparaciones de secuencias: herramientas bioinformáticas; búsqueda de secuencias consenso. Predicción de relaciones estructura-función de proteínas: búsqueda de motivos; predicción de estructura secundaria y terciaria; predicción de función. Identificación de especies, variedades y cepas: ARN16S; genes housekeeping; huella digital de ADN. Trabajo en gabinete de computadoras: identificación de una secuencia problema; predicción de su estructura y función.

 

UNIDAD 4. Genómica funcional. Transcriptómica. Concepto de transcriptoma y su utilidad. Microarreglos. RNAseq. PCR cuantitativa retrotranscripta. Alcances y limitaciones de cada metodología. Proteómica. Concepto de proteoma y su utilidad. Obtención de proteínas totales de fracciones subcelulares. Análisis de calidad. Electroforesis en gel mono y bidimensional. Cromatografía capilar. Espectrometría de masa MALDI-TOF. Análisis estadístico. Volcano plot. Trabajo en gabinete de computadoras: comparación de dos proteomas.

¿Cómo se promociona?

Monografía y examen escrito, con calificación no menor a siete para obtener la promoción. Si las notas se encuentran entre cuatro y siete no se accederá a la promoción, pero podrá aprobarse la asignatura mediante examen final.